「運籌管理學系」始於民國52年「陸軍財務經理學校」之「經理系」，後更名為「財務經理系」等。69年改制為國防財務經理學校之「企業管理學系」，71年改制為國防管理學院「企業管理學系」，民國88年成立「後勤管理研究所」，進行軍事後勤與相關領域之深造教育與研究。95年7月搬遷至北投復興崗校區並將系所合一，更名為「運籌管理學系」

本系為培養未來國防後勤策略管理、武獲與後勤管理人才之軍事教育學系，其教育性質係屬軍事教育中，由國防部會同教育部依相關教育法律所規範設立，並授予學位或發給畢業證書之大學、學院及相關之學系與研究所。因此，本系之教育目標與即訓即用之短期班隊有所不同。短期班隊著重「訓其技」，而本系本著「期增其技，更訓其思」之宗旨，以培育國軍後勤管理中，高階之組織策略發展，與作業研究層級核心幹部，為國軍後勤教育體系建立基石，並推動各項國防管理工作之革新，促進國防管理之現代化。