本系之設立宗旨為培養國防後勤與獲得管理之人才，並提供國防後勤整合之研究能量。而在國防大學『培養武德武藝兼備之建軍備戰領導及專業人才，建立國防事務決策及研究機制與能量』的設立宗旨，以及管理學院『厚植核心能量（軍事決策、武獲後勤、資訊管理、財務管理、國防法制及人力資源），成為國防管理專業與智庫的領航者，以孕育「公、勤、廉、能」及具前瞻創新思維、術德兼修之全人軍官』的辦學理念指導下，擬定出本系的設立宗旨為「培養國防後勤與獲得管理之人才，並提供國防後勤整合之研究能量」。

由上述的說明可以了解，本系的辦學基礎係在國防部、國防大學、管理學院的政策指導方向下產生，目前主要依本系的管監單位:國防部後勤參謀次長室，對於國軍專業後勤人才的需求，由本系之大學部(基礎教育)及碩士班(深造教育)進行培訓，以落實國軍軍事教育為用而訓的政策宗旨。

目前，本系在大學部 (基礎教育)的發展上，畢業學生的前程發展以足國軍後勤體系所提出的初官需求，在後勤官科體系「經理」、「採購」、「運輸」、「行政」等領域任官服務；在碩士班 (深造教育)的發展上，則依國軍後勤單位對於高階決策人力的培訓需求，積極培養國軍後勤有關「獲得、採購、作業研究與策略管理」等相關領域之核心幹部。此外，本系基於「教育資源共享」與「培育民間人士嫻熟國軍後勤事務」的思維下，分別於大學部及碩士班提供自費生的名額，使本系朝多元化方向發展。

本系的設立宗旨及教育目標，係秉承國軍建軍備戰需求，根源於校部設立宗旨與管理學院辦學理念之脈絡，使本系培訓國軍後勤幹部與校、院發展願景相符，具「學用合一」完整功能的獨特價值性。而本系專責培養國軍相關後勤官科的初官，以及中、高階後勤管理決策之核心幹部，並長期進行國防後勤事務領域專業研究；自本系辦學以來，在國內高等教育及國軍軍事教育體系中，具備「厚植國防能量」之無可取代性，成為本系獨有特色。