本系可追溯於民國元年軍需學校，迄今已有近百年歷史，因應國軍對主財專業人員之迫切需求，特於民國71年成立會統學系，民國78年進行專業分流，分別成立會計學系暨統計學系，為培育國軍中、高階主財專業軍官，特於民國89年設立國防財務資源管理研究所，進一步配合「國軍終生學習」理念，特於民國95年，設立財務管理學系碩士在職組，民國95年因應國防部組織調整，將會計學系、統計學系及研究所整併為財務管理學系。